Anatomi bir organizmanın morfolojik yapısı olarak tanımlanır. Morfolojiyse hayvan ve bitkilerin yapısı ve özellikleriyle ilgilenen bilim dalı olarak tanımlanmaktadır.
Form:Koi balıklarının vücut şekli füze/mekik olarak adlandırılan türdedir. Her iki uca doğru daralan tanımlaması en uygunudur.
Yüzgeçler: Koi’lerin üç tek ve iki çift yüzgeci vardır. Caudal veya diğer adıyla kuyruk yüzgeci temel olarak yüzmek özellikle de hızlı yüzmek için kullanılır. Dorsal yani sırt yüzgeci ileri hareket esnasında stabiliteyi sağlamak için kullanılır.Bu yüzgeç Koi yaşlandıkça sertleşir ve yıpranmış bir görüntüye bürünür. Anal yüzgeç, sırt yüzgeci gibi stabilizasyon görevi görür. Bu yüzgeç de Koi yaşlandıkça sertleşir ve yıpranmış bir görüntüye bürünür. Pektoral yüzgeçler çifttir ve birden çok fonksiyonu mevcuttur. Bu fonksiyonlar arasında: ileri hareket esnasında yön değiştirme, hem ileri hem de geri yavaş yüzme, durma veya güçlü akıntılara direnme bulunmaktadır. Pelvik veya ventral yüzgeçler de çifttir ve yalpalamanın kontrolü, dengeyi sağlama ve yukarı yön verme görevlerini görür. Yüzgeçler incedir ve içlerinden çok sayıda damar geçer bu durum yüzgeçleri balığın hassas kısımlarından birisi haline getirmektedir. Yüzgeçlerde oluşan zarar veya değişiklikleri görmek kolaydır. Bu yüzden hastalıklar önce genellikle bozulan, yırtılan veya çürümeye başlayan yüzgeçler sayesinde tespit edilir.
Cuticle: Balığın deri ve pulları cuticle adı verilen hücresiz bir mukus tabakasıyla kaplıdır. Cuticle daha çok slime coat (sümüğümsü tabaka) adıyla bilinmektedir. Mukustan oluşan bu ince tabaka antikorlar, lisozimler (bazı bakterilerin hücre duvarlarını yok eden bir enzim) ve C-reaktif protein (anti bakteriyel özellikler taşıyan bir protein) ihtiva eder. Cuticle Koi’lerin sudaki parazitlerle mücadelesindeki ilk savunma mekanizmasıdır. Cuticle bundan başka sürtünmeyi azaltarak balığın daha rahat hareket etmesini sağlar.
Deri:Deri epidermis, dermis ve hipodermis adlı üç katmandan meydana gelir. Epidermis (en dıştaki katman) çok incedir. Genelde 6 – 8 hücre kalınlığında olan bu katman tek hücreli mukus salgı bezleri ve çok küçük kılcal damarlar barındırır. Dermiste (orta katman) pullar, pulları oluşturan hücreler, pigmentler, kan damarları ve sinirler bulunur. Hipodermis altta bulunan kas veya kemik ile epidermis arasındaki damarlı kalın bölümdür. Bu deri ve vücudun diğer alanları arasındaki bir ayırıcı gibidir.
Pullar:Tüm Koi balıklarının pulları sikloit tipindedir ve Koi’lerin büyük çoğunluğunun vücutlarının neredeyse tamamında pul olmasına rağmen başlarında bulunmaz. Bu pullu Koi’lere Japoncada Wagoi adı verilmiştir.Bazı koilerin sadece dorsal ve lateral çizgileri üzerinde pulları bulunmaktadır. Bu tip koilere Alman Koileri denir ve Japoncada Doitsu olarak adlandırılır. Bazı Koi’ler pulsuzdur ve bu tip koilereyse deri koi denir. Bunlardan başka pulları çok büyük olan ve vücudun birçok yerinde rasgele çıktığı Koiler de vardır, bu tip koilere zırhlı pullu koi denir.
Pullar ince ve esnek plakalar şeklindedir ve dermis üzerinde büyüyen bir katman oluşturur. Pullar dermal tabakada oluştuğundan bir pulun çıkarılması yara veya deri üzerinde bir delik meydana getirir. Bu tip bir yara veya delik patojenlerin balığa ulaşabileceği bir potansiyel tehlikedir. Pullar merkezden dışarı doğru gelişirler. Büyümenin asıl kaynağı bir pulun ortasıdır.
Ağız:Koilerin çıkıntılı bir ağız yapısı vardır ve bu sayede zeminden yem almaları kolaylaşır. Koi’lerin ağzı başın alt kısmında bulunduğundan ve bu sayede havuzların dibinden yemleri çekebildiklerinden dipten beslenen balıklar olarak bilinirler. Fakat Koi'ler havuzun üst orta ve zemin kısımlarının üçünden de yem alabilirler. Koi’lerin ağızlarında diş yoktur bu yüzden her şeyi önce emerler tadına bakarlar ve tüketip tüketemeyeceklerine karar verirler. Dişleri bulunmamasına rağmen Koilerin Solungaç odacıklarının hemen arkasında dişi andıran pharingeal kemikleri bulunur. Besinler bu kemikler ve kemikimsi bir yüzey üzerinde öğütülür.
Duyu Organları
İşitme: Koilerin dışarıda kulakları olmamasına karşın içeride kulakları bulunur ve bu kulaklar Weberian Ossicle olarak bilinen bir grup kemikle kafatasındaki hava kesesine (yüzme kesesi) bağlanır. Sesin hava kesesi ile güçlendirildiğine inanılmaktadır. Koiler de diğer balıklar gibi sese karşı hassastır ve sürekli olarak tekrarlanan yüksek sesler yüzünden strese girip hastalanabilirler. Sağdaki diyagram bir deniz alasının başındaki duyu sistemini açıklamaktadır ve Koi / Sazanların iç kulaklarıyla aynı prensipte olduğuna inanılmaktadır. Diyagramın alt kısmı iç kulakları göstermektedir(diyagramın sol kısmındaki parantez işareti).
Gözler: Koi’lerin gözlerinin yapısı insan gözlerinin yapısına benzemektedir. Fakat insan gözüyle kıyaslandığında Koi’nin gözleri ayrı ayrı hareket edebilmektedir ve iki yana hizalanmıştır, bu sayede görüş alanı artmaktadır. Koi’lerin gözlerinde renkleri, siyahı ve beyazı görmeye yarayan yapıyı oluşturan koniler ve çubuklar bulunmaktadır. Koi’ler muhtemelen bir sayfa üzerinde yer alan yazıları görebilecek kadar iyi bir görme duyusuna sahiptir. Koi’ler suda yaşadıkları için koruyucu gözkapakları bulunmaz. Bu durumda balıklar sudan dışarı çıkarıldıklarında çok daha dikkatli olunmalıdır, saniyelik bir operasyon yapılsa bile Koi’lerin gözleri nemlendirilmeli , yada gözler ıslak bırakılmalıdır. Göz lensleri silindiriktir ve göz bebeğinden dışa doğru çıkıktır ve bu sayede ileri ve geri de dahil olmak üzere geniş bir perferik görüntü sunar. Sağlıklı balıklarda lens tamamen şeffaftır. Bakteriyel veya besin sorunlarında lens sisli bir görüntü alır. Gözbebekleri memelilerde olduğu gibi nörolojik olarak kontrol edilmektedir fakat tepki süresi klinik amaçlarla kullanılamayacak kadar yavaştır.
Yanal çizgi: Koilerin yanal çizgisi vücutlarının orta sonra tüm yan yüzeyleri boyunca yer almaktadır. Pullar içerisindeki delikler yüzeyin altında içerisinde nuromast hücreler barındıran bir kanal oluşturur. Herhangi bir yönde oluşan su hareketi bu kanal içerisindeki mukusun titremesin yol açar. Bu titreşimler perifer sinir sistemine bağlı neuromast hücrelerin uyarılmasına ve balığın hayatta kalmasına imkan veren hareketleri çok etkin bir şekilde algılamasını sağlamaktadır.Yanal çizgi önemli bir işarettir. Hemen altında bir kan damarı bulunan omurgayla yaklaşık olarak aynı seviyededir ve bu sayede kan damarının yerinin tespiti kolaylaşır.
Tat alma:Tat alma dokuları ağız, dudaklar ve bıyıklara yayılmıştır. Koilerde iki çift bıyık bulunmaktadır.
Koku alma: Koku alma organları nare adı verilen burun deliklerinin merkezinde yer alır. Bu nareler içerisinden su vücudun herhangi bir başka yerine ulaşmaz. Sadece koku alma amaçlı kullanılan nare çifttir ve göz ile ağız arasında bir konumda bulunur. Küçük U tipinde tüplere benzemektedirler, bu tüpün bir ucundan giren su diğer ucundan çıkar. Tüpün su girişinin bulunduğu kısımda bir deri parçası Koi ileri doğru hareket ederken suyun nareye yönlendirilmesini sağlar. Nare içerisindeki partikül maddelerin hareketi küçük kıllar tarafından sağlanır.
